서기(書記)는 선원에서 사무를 처리 하는 소임자이다. 홍법원 『불교학대사전』에 따르면 서기(書記)를 옛날에는 서장(書狀)이라 했고, 지금은 내외(內外)로 나누어 내(內)는 주지의 문안(文案)을 맡은 이를 내기(內記)·내사(內史)·서장시자(書狀侍者)라 하며, 밖으로 문안을 맡은 이를 서기(書記)·외기(外記)·외사(外史)라 정의하였다. 『총림양서수지(叢林兩序須知)』에는 서기에 대해 다음과 같이 언급하였다.

이와 같이 서기의 임무가 막중하였음을 청규를 통해 알 수 있다. 서기 주요 소임을 정리해 보면 다음과 같다. ① 방장이나 선원장 등 어른스님들의 글을 마땅히 도와 처리해야 한다. ② 상당, 소참, 만참, 보설, 법어 등을 정리하거나 녹음해야 한다. ③ 입승의 감독하에 용상방을 만들어 걸고 대중 소임표와 정진 시간표를 작성하여 대중방에 붙이고 각 대중에게 나누어 준다. ④ 방함록 작성 기준에 따라 대중 방함록을 작성하여 대중에게 확인하게 한 후, 전국선원수좌회에 발송한다. ⑤ 우편물 접수·발송 물건 등 일체 기록물을 담당한다. ⑥ 전국선원수좌회에서 발행하는 『선사방함록』이 도착하면 먼저 종무소에 한 부를 비치하고 어른스님께 전달한 후 대중이 모두 볼 수 있도록 한다. ⑦ 서기 소임을 이용하여 종무소의 집기를 개인적인 용도로 사용하지 말아야 한다. ⑧ 서류 양식과 숫자에 온전치 못한 것이 있으면 수시로 사정을 살펴 보르게 정리해야 한다. ⑨ 서기 소임이 끝날 시에는 당해 선원의 물품 및 기록물(대소사에 관련된 각종 문서)등을 다음 소임자에게 정확하게 인수인계 한다.