참선을 통해 정신신체질환이나 스트레스성 질환에 효과가 있다는 의학 연구결과가 발표되고 있다. 이들 연구에서는 연구에 따르면 명상을 꾸준히 하면 뇌파가 변함은 물론, 자율신경계의 조화가 회복되며, 스트레스 호르몬의 분비가 감소한다. 임상적으로는 고혈압, 통증, 만성폐색성 폐질환, 건선 등 질환에 효과가 있다고 한다. 운동과 같은 신체적 훈련을 통해 생리적 변화를 이끌 수 있지만, 간화선과 같은 수생은 정신과 신체를 모두 조절하고자 한다는 점에서 일반 신체훈련과는 다르다. 간화선수행의 궁극적 목적은 건강추구가 아니라 깨달음의 추구이므로 목표 자체가 다르다고 볼 수 있으며, 단순히 스트레스를 이기고 면역기능을 향상시키기 위해 수행을 하는 것은 아니다. 그러나 수행의 과정에서 삶의 본성을 되돌아보아 깨달음으로 향하기도 하지만, 그 과정에서 신체의 건강, 질병의 치유 및 정신적 치료로 이어지기도 한다. 또한 단순히 신체적 불편감을 해소할 뿐 아니라, 심적 갈등의 뿌리를 찾고 이를 다스려 내적 평화를 얻기도 한다. 여기에는 선수행을 통한 생리적 변화가 바탕이 된다. 간화선수행을 하게 되면 인체내 호르몬이 변화하는 것과 같은 생리적 효과가 부수적으로 생긴다. 대표적으로 체내 호르몬인 코티졸과 베타엔돌핀(β-endorphin)의 변화가 그것이다. 코티졸은 스트레스 호르몬의 일종으로 현재 신체가 받고 있는 스트레스의 정도를 반영한다. 간화선 수행 중에는 코티졸이 감소했다는 연구결과가 있다. 또한 혈중 베타엔돌핀이 수행 전보다 수행 후에 증가되는 결과가 얻어지고 있다. 베타 엔돌핀은 모르핀과 유사한 작용을 하며, 기분을 좋게 하고 면역력을 증가시키는 물질로 알려져 있다. 참선수행에서는 신체적 고통을 있는 그대로 살펴보면서 평정된 마음을 유지하는 관법을 강조하고, 화두를 들면서 외부 환경을 있는 그대로 바라보는 것이 특징이다. 이 때 코티졸의 감소와 베타엔돌핀의 증가와 같은 생리적 변화는 간화선 수행이 단지 깨달음의 길만을 열어주는 것에 그치는게 아니라 심신 건강에도 유익하다는 것을 의미하기도 한다.