과학적 연구에 따르면 수행이나 명상을 통해 신체적 변화가 일어난다는 것이 기정사실화 되었다. 실제로 의식과 신체의 상관성에 대해서는 불교에서는 대표적으로 일체유심조(一切唯心造)라는 말이 있다. 이 말이 의미하는 것은 모든 것은 마음이 만드다는 뜻이다. 일체라는 말에는 외부에 있는 사물까지 포함하지만, 이를 신체로 한정시켜 마음이 우리의 몸까지도 만든다는 뜻을 함의한다. 마음과 신체에 대해서는 많은 연구결과가 있고, 현대의학의 임상의학과 분자생물학에서 그 임상효과가 입증되어 정신신경면역학과 같은 심신의학의 기반이 되고 있다. 현대의학의 성과에 의하면, 심신작용의 핵심이 되고 있는 두뇌와 자율신경계의 작용기전이 규명되어 감정과 신념을 통해 자율신경계가 상호작용하는 것이 밝혀지고 있다. 또한 언어와 습관에 의한 두뇌작용의 변화는 물론 생리적 스트레스와 일상적 스트레스와 관련되어 세포차원의 작용이 드러나고 있다. 두뇌의 정보처리과정과 인식작용에 있어 체성신경계가 함께 작용하고 나아가 자율신경계와 체성신경계 역시 상호작용한다. 간화선 수행과 같이 고도의 집중된 수행을 하게 되면, 신체는 교감신경계(sympathetic nervous system)로 하여금 노르아드레날린(noradrenaline: 노르에피네프린: norepinephrine)의 방출을 줄이고, 부교감신경계(parasympathetic nervous system)가 시냅스(synapse)간의 신경전달물질인 아세틸콜린(acetylcholine)을 방출하게 하여 길항작용을 돕는다. 사람이 화를 내거나 강한 스트레스를 받아서 긴장하면 뇌에서 폭력과 충동, 공격성을 유발하면서 강력한 혈압상승제 역할을 하는 신경전달 물질인 노르아드레날린이라는 물질이 분비되고, 공포감을 느끼면 아드레날린을 분비하게 된다. 반대로 아세틸콜린은 부교감신경을 자극하여 혈압을 낮추고 맥박을 감소킨다. 또한 침과 같은 타액의 분비를 촉진하여 소화기능을 향상시키기도 한다. 수행을 통해 긍정적 마음상태를 유지하게 되면 부교감신경이 활성화 될 뿐 아니라, 베타 엔돌핀(endorphin)과 같은 물질을 분비하는데 이 호르몬은 노화를 방지하고 자연치유력을 높여 주는 아주 뛰어난 약리 효과를 갖고 있다. 이 호르몬은 뇌에서 분비되는 호르몬 가운데 가장 긍정적인 효력을 발휘하는 물질인데, 강력한 쾌감을 줄 뿐 아니라 면역력을 높여주는 효과가 뛰어나 면역세포를 강하게 만들기 때문에 에이즈와 같은 병에도 강한 저항력을 발휘하게 할 수 있다. 신체적 변화 뿐아니라 기억력 강화, 인내력 향상 등 심리적 영역에도 도움을 주고 있다.