참선의 근본 목적은 자신의 진면목을 깨달은 후 생사에 자유자재한 경지에 들어가는 것이다. 수행을 통해 깨달음을 얻은 후 일체 중생을 제도하고자 하는 큰 서원을 통해 좋은 공덕을 얻을 수가 있다. 수행의 공덕 중 대표적인 것이 바로 좌선을 통한 심신의 변화이다. 먼저 좌선을 하면 의지력이 강해지면서 집중력과 지속력이 생기고 마음이 홀가분해진다. 의지력이 강해지면 자신감이 고양되며 불안감이 사라진다. 노이로제와 같은 불안감과 신경질적 반응이 사라지면서 정신이 안정되고 스스로 자기의 중심이 잡힌다. 좌선을 통한 부대효과로 결국 좌선 외적인 일의 능률도 따라서 오르게 되고 생활도 탄력을 받게 된다. 또한 마음이 여유롭게 되고 관대해져서 주변 사물을 보는 시각이 넓어진다. 이 모든 것들은 결국 마음의 안정과 평화를 이끌며 지적 능력의 개발로 이어져 창조력도 생기게 된다. 특히 간화선(看話禪)수행은 화두를 통해 우리가 시달리는 번뇌 망상을 제거해 나가는 탁월한 방법이므로, 온갖 스트레스에 시달리면서 자기 계발이 필요한 현대인에게 가장 적합한 수행법이다. 좌선수행 중 신체의 변화를 알아보면, 뇌에서는 산화질소(NO)가 증가하게 된다. 산화질소는 엔돌핀과 같이 인체에 유익한 신경전달 물질의 분비를 촉진시킨다. 특히 엔돌핀의 일종인 베타엔돌핀의 분비량이 증가되는데, 이 호르몬은 젖산 등 체내 피로물질과 관절의 통증을 감소시킨다. 또한 신경기능이 조정이 되어 마음을 차분하게 이끌게 된다. 인간의 신경계에는 교감신경계(交感神經系)와 부교감신경계(副交感神經系)계의 두 가지가 있다. 심장이 뛰는 경우 교감신경계는 이를 강화하는데 작용하지만, 부교감신경계는 이것을 약화시키는데 작용한다. 마치 두 개의 말고삐로 말을 잘 뛰게 조종하는 것처럼 양쪽 신경계의 균형이 잘 맞으면 내장(內臟)의 모든 기관이 제대로 움직이고 인간의 몸도 잘 움직인다. 교감신경계는 혈관을 수축시키거나 혈압을 높이고, 흥분시 증가하는 아드레날린 호르몬의 분비에 관여한다. 한편 부교감신경계는 혈관을 확장시키거나 혈압을 낮추고 흥분을 해소하는 아세틸콜린의 호르몬 분비에 관여한다. 좌선은 부교감신경계를 활성화시키는데, 이로 인해 부신(副腎)을 조절하여 신심(身心)의 흥분을 억제하고 심장의 고동을 진정시키는 작용을 한다. 좌선을 하면 배가 덜 고프다거나, 덜 춥다거나, 덜 졸립다거나, 감기에 잘 걸리지 않는다거나 하는 부대효과가 일어나는데 바로 이러한 신체 변화에 의한 것이다.