운문사(雲門寺)는 대한불교조계종 제9교구 본사인 동화사(桐華寺)의 말사이다. 560년(진흥왕 21) 한 신승(神僧)이 대작갑사(大鵲岬寺)라는 이름으로 창건하였고, 591년(진평왕 13) 원광(圓光)이 크게 중건하였다. 원광은 세속오계(世俗五戒)를 지어 이곳에서 아주 가까운 가슬갑사(嘉瑟岬寺)에서 귀산(貴山) 등에게 주었다고 전한다. 937년(태조 20)에는 당나라에서 유학하고 돌아와 후삼국의 통일을 위해 왕건을 도왔던 보양(寶壤)이 중창하고 작갑사(鵲岬寺)라 하였으며, 이 때 왕이 보양의 공에 대한 보답으로 쌀 50석을 하사하고 ‘운문선사(雲門禪寺)’라고 한 뒤부터 운문사라고 불렀다. 운문사는 18세기에 유정의 교파와 언기의 선파를 통합한 설송연초(雪松演初)스님이 주석한 이래 선교 양종을 아우르는 수행도량으로 오랜 전통을 지니고 있다. 1998년 제 13대 주지로 부임한 혜은(慧恩)이 선원을 신축함에 따라 교와 선을 함께 익힐 수 있는 도량으로 거듭나게 되었다. 이어서 2003년 제 14대 주지 흥륜(興輪) 때 혜은(慧恩)과 승가대학장인 명성스님의 원력으로 선원이 개원되었다. 당시 명성(明聖)이 선원을 ‘문수선원(文殊禪院)’이라 짓고 현판을 썼다. 중생을 널리 제도할 문수보살의 지혜를 배우고 닦는 곳이라는 의미가 있다.