복전선원 대웅전의 관세음보살상 복장문(腹藏文)에 의하면, 이 절은 1669년(조선 현종 10)에 창건되었다고 전해진다. 이후의 기록은 알 수 없고, 1943년에 도익이 중건하였으며, 1954년에 현 복전암 회주 경순(景順)이 주지로 부임해와서 지금의 비구니 수행 도량으로 일구었다.

전설에 따르면, 보문산 동쪽 보문산마애여래좌상(대전광역시 유형문화재, 이하 마애불) 아래에 신묘사(神妙寺)라는 절이 있었는데, 어느 날 이 마애불 정상에 있던 큰 바위가 굴러떨어져 절이 파괴되고 말았다. 당시 풍수지리에 능했던 학조대사가 이를 보고 좀 더 아래쪽에 터를 잡아서 신묘사의 관음불상을 옮겨 새로 절을 짓게 한 것이 지금의 복전암이라고 한다.

6·25전쟁 때 주지가 된 경순이 신묘암에서 복전암으로 이름을 바꾸었다. 경순은 고봉을 조실로 모시고 비구니 선원을 건립(1985)하여 운영했으며, ‘관음칠성회’라는 신도회를 통해 선원의 외호(外護)와 포교에 온 힘을 다했다. 현재 복전선원은 고봉 이후 전강, 송담을 조실로 모시고 경순의 문도가 입승과 주지 등의 소임을 맡아 대중과 함께 수행 정진하고 있다. 방함록에 기록된 안거 대중은 2000년대 들어 20여 명의 수행자들이 꾸준히 수선하다가 최근 들어 10명 이내로 줄어들고 있다. 도량에는 대웅전, 극락전, 선화당, 영산전, 삼성각, 범종각, 3층 규모의 보제루, 일주문, 사천왕문, 칠층석탑 등이 있다.