금련사(金蓮寺)는 부산 비구니회 승려들의 모임인 금련회가 수행자 양성과 도심지 선원 건립을 목적으로 창건한 수행 도량이다. 금련회는 1976년 부산 소림사에서 약 40명의 승려들이 모여 불교 현실화 및 사회교화 사업을 목적으로 창립 법회를 갖고 출범했다. 1987년 현재 절이 들어선 일대의 토지 4천여 평을 매입하여 1990년 건평 336평으로 3층 건물의 수행관을 준공하였다. 1994년 하안거 때부터 동국대학교 학생 수행관 법당에서 금련사 선방을 임시로 개원하여 수행 정진하다가 1995년 4월 선원 건물을 지어 정식으로 선원을 개원, 안거 때마다 30여 명의 수행자가 정진하고 있다.

금련선원은 금련사 법당을 향하여 니은(ㄴ)자 방향으로 서 있는 3층짜리 건물에 자리잡고 있다. 정면 7칸, 측면 2칸의 3층 팔작지붕 건물이며 1, 2층은 숙소이며 선원은 3층에 있다. 평수는 60여 평으로 30여 명의 수행자들을 수용할 수 있다. 1999년 80여평 규모의 법당을 지어 낙성식을 거행하였다. 현재 금련사 선원은 50여명을 수용할 수 있는 비구니 학인 기숙사 한 동, 중진 승려들이 결제·해제와 관계없이 상주하는 2동의 건물 및 법당과 선방으로 구성되어 있다. 금련선원의 특징은 참선 정진하는 큰방 외에 수행자의 개인 숙소가 마련되어 있어 선방에서 하는 일반 정진시간 외에도 자유롭게 정진하는 분위기가 만들어져 있다는 점이다. 결제기간 일정표에 따라 일반 정진한 다음 취침 시간 이후에도 얼마든지 정진할 수 있다. 결제 때는 죽비 예불, 해제 때는 목탁 예불을 드리며 산철에도 대중이 항상 수행할 수 있도록 하고 있다.