표충사는 대한불교조계종 제15교구 본사인 통도사의 말사이다. 654년(무열왕 원년)에 원효가 창건하여 죽림정사(竹林精寺)라 하였다. 이후 829년(흥덕왕 4)에 황면(黃面)이 재건하여 영정사(靈井寺)로 개칭하였다. 병자호란으로 승려들이 흩어지고 폐허가 되었던 것을 1714년(숙종 40)에 밀양 군수 김창석(金昌錫)과 승려들, 지역 유림의 요청으로 삼강동 출신의 4현을 모시는 충효사(忠孝祠)를 완성하였다. 이듬해 백하암 옛터에 사명당 유정을 추모하는 표충사(表忠祠)를 세웠다. 1738년(영조 14)에 왕명으로 남붕(南鵬)이 크게 중창하였다. 4년 후 사명대사의 비석[밀양표충사송운대사영당비명병서(密陽表忠祠松雲大師影堂碑銘幷序)]을 세우고 비각을 건립하였는데, 이때 모든 사우(祠宇)를 정비하여 다시 세우면서 중흥사(重興寺)라고 하였다. 1839년(헌종 5)에 천유(天有)와 월파(月坡)가 표충사(表忠寺)로 절 이름을 고쳤으며, 1926년에 화재로 소실되었던 건물을 재건하여 오늘에 이르고 있다.

표충사는 신라 진성여왕 3년에 보우(寶祐) 국사가 500명의 대중을 이끌고 선풍을 일으켜 동방제이선찰(東方第二禪刹)이 되었으며, 고려 충렬왕 12년에 일연(一然) 국사가 1,000여 명의 대중과 함께 불법(佛法)을 펼치니 동방제일선찰이 되었다. 표충사에 선원이 개원된 해는 1900년으로 추정한다. 당시 경허가 이곳에서 선풍을 드날렸기 때문이다. 1913년에도 선원이 운영되었으며, 1919년에는 표충사 산내 암자인 내원선방에서 조실 설산(雪山)을 모시고 수행자들이 정진하였으나, 당시 주지가 선원을 없애는 불운을 겪기도 하였다. 이후 다시 선원이 열려 많은 선객이 거쳐 갔다. 1939년에 고암(古庵)이 선원의 조실을 맡았으며, 1942년에는 남선제일선원(南鮮第一禪院)이란 이름으로 수진(守眞)이 종주(宗主)가 되어 10여 명의 대중과 함께 참선에 들었다. 1960년대 중반 이후에는 동방제일선원(東方第一禪院)이란 이름으로 조실 해산(海山)을 모시고 1970년 말까지 수선(修禪) 정진이 이어졌다. 1966년에는 조계종 초대 종정을 역임한 효봉이 표충사 서래각에 주석하면서 후학을 양성하다가 79세의 일기로 열반하였다.

오랫동안 문을 닫았던 표충사 선원은 2001년 주지로 부임한 혜오(慧悟)가 선원장을 겸하여 서래각선원으로 다시 문을 열었다. 월하(月下)를 조실로 모시고 7명에서 15명 내외의 수행자가 정진하다가 2009년에 다시 휴원하였다. 2021년에 주지 진각의 원력으로 다시 문을 연 서래각선원은 10여 명의 대중이 정진하고 있다. 표충사는 대광전(시도유형문화재 제131호), 관음전, 만일루(경상남도 문화재자료 제142호), 명부전(경상남도 유형문화재 제143호), 사천왕문, 상노전, 설법전, 수충루, 영각, 응진전, 칠성전, 팔상전(경상남도 유형문화재 제141호), 표충사당, 표충서원(경상남도 유형문화재 제52호)의 전각과 보물 제467호인 삼층석탑이 있으며, 국보 제75호 표충사 청동 은입사 향완 등 많은 유형문화재를 보유하고 있다.