봉정사는 대한불교조계종 제16교구 본사 고운사(孤雲寺)의 말사이다. 신라 문무왕 12년(672)에 능인(能仁) 대덕이 수도한 후, 도력으로 종이 봉(鳳)을 만들어 날렸는데, 이 종이 봉이 내려앉은 곳에 절을 지어 봉정사라 하였다는 전설이 있다. 봉정사는 한국에서 가장 오래된 목조건물을 지닌 곳으로 유명하지만, 6.25 전쟁 때 사찰에 있던 경전과 사지(寺誌) 등이 모두 불태워져 봉정사의 역사를 알려주는 기록은 거의 남아 있지 않다. 그러나 1972년에 극락전을 해체 복원할 때 발견된 상량문에서 ‘고려 공민왕 12년(1363)에 극락전의 옥개부를 중수했다’는 기록이 발견되어, 봉정사 극락전(국보)이 한국에서 가장 오래된 목조건물로 인정받게 되었다.

2000년 2월 대웅전 지붕에서 발견된 상량문에 의하면, ‘경상도관찰출척사(慶尙道觀察黜陟使)가 선덕 10년(1435, 세종 17) 을묘년 8월 1일에 [이 글을] 썼으며, 신라대 창건 이후 500여 년에 이르러 을묘년에 법당을 중창하였다’는 기록이 있다. 또한, 대웅전 목조 불단에서 고려말에 제작했다는 묵서지에는 ‘신축 지정 21년(1361, 공민왕 10)에 봉정사 탁자를 제작하고 시주하였다. 시주자 박재거(朴宰巨)’라고 적힌 글도 확인되었다. 한편 새로 발견된 상량문에는 신축, 단청을 한 시기, 임금으로부터 하사받은 토지, 사찰 규모 등을 알려주는 내용이 자세히 기록되어 있다. 조선 초 당시 봉정사는 팔만대장경을 보유하고 500여 결(1만여 평)의 논밭이 있었으며 스님 100여 명이 안거 수행하는 75칸의 대찰이었다고 한다.

봉정사 천등선원은 안동지역의 최초 선원이다. 봉정사 주지 겸 선원장 자현의 노력과 헌신으로 2010년 11월 19일 천등선원이 문을 열어 첫 결제에 8명의 납자가 입방하였다. 이후 7명에서 11명의 대중이 정진하고 있으며 2019년 하안거부터는 선원장 호성(昊星)이 대중의 화합과 질서를 살피고 있다. 이 선원은 지조암을 보수하여 선방을 신축하고 요사채와 목욕탕을 들였으며 부석사 조실 근일의 친필 휘호로 천등선원 현판을 걸었다. 천등선원의 입방 자격은 비구로 제한하며, 정진 분위기를 위해 사미의 입방은 허용하지 않는다. 좌선에 들면 2~3시간 연속 정진으로 입선과 방선 죽비만 있을 뿐, 정진 중 포행 시간은 없다. 결제 기간 중, 산문 밖 출입을 일절 금하기 위해 선원 내에 목욕탕까지 마련한 천등선원은 자율 정진이나 반철, 대중산행도 없이 오직 정진에만 몰두하는 엄격한 청규를 적용하고 있다.