남국선원(南國禪院)은 한라산 돈내코에 위치한 선원으로 1974년 혜국 금아(慧國金牙)가 창건하였다. 남국선원의 개원 배경은 70년대 초 혜국이 해인사에서 수행할 때 성철로부터 제주도에 선원창건을 권유받은 것이 계기가 되었다. 혜국은 처음에 현 대웅전 자리에 토굴형식으로 선원을 지었다. 1994년 일타(日陀)가 조실로 와서 법당을 새로 짓고 선원도 현재의 자리로 옮겼다. 1층에는 무문관에 들 수 있는 방 7개를 만들고, 2층에는 일반 선원을 열어 수행자들의 수행 공간으로서의 면모를 갖추게 되었다. 1996년 정식으로 남국선원을 개원하여 수행자들을 받았다. 남국선원이라는 이름에는 『화엄경』에서 선재동자가 남쪽으로 구법하러 간 내용과 함께 한국 최남단에 위치한다는 의미가 들어 있다.

남국선원은 대웅전 왼쪽 대각선 방향으로 서 있다. 2층 건물로 1층에는 7개의 방이 무문관으로 개설되어 있으며 2층에는 대중스님들이 정진하는 큰방이 들어서 있다. 남국선원의 무문관은 수행자들에게 인기가 많다. 선원은 전체 100평 규모로 큰방의 수용인원은 30여명이다. 남국선원에서는 선원장과 주지 소임자도 선원 대중과 마찬가지로 정진한다. 무문관에는 1년에 한 번씩 안거에 들어가는데 방이 7개 있으므로 한 해 7명씩 수행 가능하다. 1999년 이후 매년 무문관 7명을 포함 총 20~30명의 수행자가 정진하고 있다. 이곳에서 정진했던 주요 수행자로는 겸우, 정목, 현진, 정우, 혜국, 혜광, 성오 등이 있다. 남국선원의 역대 선원장으로는 선원을 창건한 혜국이 있으며, 2022년 현재 성묵(性黙)이 선원장을 맡고 있다.