고운사(孤雲寺)는 대한불교 조계종 제16교구의 본사로 경 등운산(騰雲山) 계곡에 자리잡고 있다. 신라 신문왕 1년(681) 의상이 창건하였고, 신라 말 고운(孤雲) 최치원이 머물면서 가운루(駕雲樓)와 우화루(羽化樓)를 건립하자 이를 기념하기 위해 절 이름을 고운사(高雲寺)에서 고운사(孤雲寺)로 개명했다고 한다. 고려 대인 1018년(현종 9) 천우(天祐)가 크게 중창한 이후 조선 중기에 이르기까지 크고 작은 불사가 이어져 왔으며 1724년에는 3불전과 모니전(牟尼殿), 명부전 외 11개의 요사, 2개의 암자가 있었다고 전한다. 1744년 조선 후기 숙종 이후 계속 사세 확장을 거듭하여 당시 건물만 해도 3백66칸으로 3000여 대중이 수행하였다. 함홍 치능(涵弘致能, 1805~1878)이 후학을 지도할 때는 무려 500명의 대중 스님들이 수행한 도량으로 유명하다. 구한 말 광무 6년(1902)에 연수전(延壽殿)이 재창건되었고, 일제강점기 때는 조계종 31본산 중 하나로서 안동·영주·봉화·청송의 60여 절을 말사로 거느렸다. 근래 들어 1980년 근일(勤日)과 1990년대 법조(法祖)가 가람을 정비하고 확장하였다. 근대적 형태의 선원이 최초로 개설된 것은 1902년으로 수월 영민(水月永旻, 1817~1893), 전강(田岡), 등담(登潭), 영담(影潭) 등이 대중들의 수행 정진을 이끌었다. 나한전 옆 건물인 조실채가 과거 선원역할을 했던 고금당(古金堂)선원 건물이다. 현재의 고금당선원은 1980년 개원하였는데 고운사 대웅전에서 맡은 편에 세웠다. 고금당선원과 옛 선원인 조실채가 나란히 있는 선원 영역은 일반인의 출입을 금하는 공간으로 울타리가 둘러쳐져 있다. 1980년 현봉 근일(玄峰勤日)이 주지로 부임한 후 1991년 옛 고금당선원 옆에 40평 규모의 선원 건물을 신축하여 수행 공간을 구축하였다. 선원이 확장 신축된 이후 지속적으로 20명 내외의 수행자들이 정진하였다. 선원의 큰방인 고금당은 팔작지붕에 정면 5칸 40평 규모로서 수용 인원은 15명이다. 선원에서는 보통 20여 명의 수행자가 안거를 할 수 있고 재가자들은 보살선원에서 정진할 수 있다.

현재 고운사에는 고금당 선원을 비롯하여 극락전·약사전·대웅전·명부전·아거각·산신각·천왕문·영각·연수전·가운루(경북 유형문화재 제151호)·우화루·나한전·조실채·연지암·일주문 등 28동의 건물이 들어서 있으며 성보문화재로서 석조 석가여래좌상(보물 제246호)과 삼층석탑(경북 문화재 자료 제28호) 등이 있다.