통도사(通度寺)는 대한불교조계종 제15교구 본사로서 부처님의 진신사리(혹은 정골사리)를 모신 불보종찰(佛寶宗刹)이다. 신라 선덕왕 15년(646)에 자장 율사가 창건하였다. 통도사 금강계단은 승니(僧尼)들의 정통을 잇는 수계 장소로 이름이 높다.

영축총림선원의 기원은 통도사 백운선원이라 할 수 있다. 『범어사본말사지』의 기록에 의하면 백운선원은 1899년 여름에 창설되었다고 한다. 백운암은 통도사에서 가장 멀리 떨어져 있는 산내 암자로 영축산 상봉 약 8부 능선에 들어서 있다. 1901년 7월 말 만공(滿空)이 이곳에서 정진하다가 새벽 종소리를 듣고 홀연히 깨친 장소이기도 하다. 1900년엔 경허(鏡虛, 1849-1912)가 통도사에서 선풍을 떨치게 되는데, 이 무렵 큰절 보광전에 선원이 개설되었을 것으로 추정한다. 이 보광선원이 오늘날 영축총림 선원의 중심 공간이다. 이곳에서 성해 남거(聖海南巨, 1854-1927), 구하(九河, 1872-1965), 경봉(鏡峰, 1892-1982)), 월하(月下, 1915-2003)가 선지(禪旨)를 드높였으며 그 밖에도 많은 수행자가 수선(修禪)하였다. 1905년경 통도사 내원암(內院庵)에 선원이 개설되어 방한암(方漢岩, 1876-1951)이 선원 조실로 초빙받아 5년 동안 납자(衲子)를 제접하다가 1910년 봄 대중들을 해산했다. 1911년에 구하가 그동안 폐원되었던 큰절의 선원을 다시 복원하였다. 1916년 안양암(安養庵) 선원 조실로 해담 치익(海曇致益)이 주석했던 것을 보면, 안양암에도 그 이전에 선원이 개설되어 있었음을 짐작할 수 있다. 1926년 4월 백용성(白龍城, 1864-1940)은 망월사에서 열린 '만일참선결사회(萬日參禪結社會)'를 통도사 내원암으로 옮겼다. 선원 운영에 필요한 경비는 통도사에서 부담하였다. 당시 통도사 주지 송설우(宋雪牛)는 내원암과 더불어 성불암, 금봉암, 안적암, 큰절의 노전을 전부 선원으로 만들면서 용성 아래 그 암자들을 예속시켰다. 이렇게 1926년에는 통도사에 크게 선풍이 일어나 통도사 선원은 중흥기를 맞이하게 된다. 1928년에는 경봉이 극락암에 극락호국 선원을 개원하였다. '만일참선결사회'는 1927년까지 유지되다가 재정적인 어려움과 청규정신이 해이해짐에 따라 도중에 중단된 듯하다. 1933년 천진도인 신혜월(慧月)이 내원암 선원 조실로서 납자를 제접했다. 1935년에는 통도사 백련암(白蓮庵)에 백련선원이 개원되었다. 이 선원은 1942년까지 이어지는 것으로 기록되어 있다. 1942년 통도사 보통선원에서는 120명이 정진했으며 종주는 중광 상원(重光常圓)이었다고 『신불교』에서는 밝히고 있다. 1947년에는 성철이 내원암 선원에서 하안거를 보냈다.

1984년 6월, 통도사 보광선원을 중심으로 영축총림이 개원되어 통도사 선원은 영축총림선원으로서 새로운 역사를 열었으며 초대 방장으로 월하가 추대되었다. 통도사 보광선원은 대웅전을 지나 일로향각 서편에 있다. ‘능견난사문(能見難思門)’이라는 편액이 걸려 있는 일각문을 열고 들어서면 정남향으로 보광전이 앉아 있다. 보광전은 이 전각의 이름이며 이곳을 선실로 사용하기 때문에 보광전선원(普光殿禪院)이라고 부른다. 부속 건물로는 판도방, 요사, 목욕실 등이 있다. 일반 참배객의 출입을 철저하게 제한하고 있는 이 보광전은 1757년(영조 33)에 범음(梵音) 대사가 창건했으며 1970년에 청하(靑霞) 화상에 의해서 중건되었다. 대소 방사가 모두 55칸에 달한다.

남향인 보광전의 서편에 동향해서 앉아 있는 6칸의 개인 판도방이 일직선을 이루고 있는데, 이곳이 통도사와 한국불교를 주름잡던 당대의 고승들이 기거했던 처소이다. 가장 널리 알려진 분이 구하 선사이다. 보광전의 축조 연대와 보광선원의 개원 연대가 일치한다고는 볼 수 없으나, 이곳을 선원으로 활용하게 된 시기는 근세로 접어들면서 선풍이 크게 진작될 무렵의 일로 추정된다. 2000년대 초 영축총림선원의 방장도 월하(月下) 선사였다. 천진(天眞)은 선원장(禪院長)이었다가 유나(維那)로서 대중의 수행을 살폈으며, 이후 유나는 상경(常鏡), 영일(靈一), 증도(證道)가 이어가고 있다. 안거 대중은 보통 25명에서 29명 정도였는데 2020년 들어서 20명 미만이 정진하고 있다.