해인사는 신라 802년(애장 3) 의상이 세운 화엄십찰(華嚴十刹) 중 하나이다. 조선시대에는 청허 휴정(淸虛休靜), 편양 언기(鞭羊彥機)의 법맥을 이은 호암 체정(虎巖體淨)이 해인사에 주석하였으며, 호암의 제자 설파 상언(雪坡尙彦)과 연담 유일(蓮潭有一)이 머물면서 화엄과 선의 종지를 다져 나갔다.

근대에 들어 해인사에 선원의 역사가 시작된 것은 1899년 경허 성우(鏡虛惺牛)가 해인사 조실로 추대되었을 때부터이다. 경허는 퇴설당에서 대중들과 함께 정혜결사(定慧結社)를 결성한 후 퇴설선원(堆雪禪院)을 개원하였다. 선원청규에 따라 대중 스님들이 참선에 드는 근대 최초의 선원이 개원된 것이다. 당시에 선방에서는 17명의 수행자가 결제에 들어갔다. 1879년 용성 진종(1864-1940)이 해인사 극락암으로 정식 출가했으며, 1906년 백련암에서 하안거에 들고 선원의 대중 스님들을 지도했다. 1915년에는 경봉(鏡峰)이 퇴설당 선원에서 정진했다. 1936년 하안거부터 1940년까지는 용성으로부터 칠불계맥(七佛戒脈)을 전수받은 동산(東山)이 해인사 조실로 주석하였다. 1946년에는 효봉(曉峰)이 조실(祖室)로 위촉되어 가야총림을 일구어 나갔다. 1967년 해인사에 방장 체제의 해인총림 설치를 결의하고 초대 방장에 퇴옹 성철(退翁性徹)을 추대하였다. 당시 선방 대중은 50여 명이었으며, 청담(淸潭)이 서당, 자운(慈雲)이 수좌, 혜암(慧菴)이 유나 소임을 맡았고, 율주는 일타(日陀), 강주는 지관(智冠)이었다. 1970년 제2대 방장으로 고암 상언(古庵祥彦)이 취임하였으며 1971년 다시 성철이 제3대 방장으로 재추대되었다. 성철이 방장으로 있을 때 퇴설당, 조사전, 선열당(禪悅堂)을 선방으로 사용했다. 퇴설당에서는 하루에 4시간만 자고 14시간 가행정진했다. 조사전에서는 용맹정진과 가행정진을 같이 했다. 1982년 퇴설당에서는 25명의 승려가 묵언하면서 장좌불와로 정진했다. 1985년 선원을 현재의 소림원으로 옮기면서 선열당은 조사영각(祖師影閣)으로 조사전은 부방장실로, 퇴설당은 방장실로 사용하게 된다. 역대 퇴옹성철, 고암상언, 혜암성관, 도림법전 등이 방장으로 안거에 참여하였다. 해인사는 강원, 율원, 선원을 모두 갖춘 총림이다. 해인사에는 원당암(願堂庵)·백련암(白蓮庵)·지족암(知足庵)·희랑대(希朗臺)·국일암(國一庵)·약수암(藥水庵)·용탑암(龍塔庵)·삼선암(三仙庵)·금선암(金仙庵)·홍제암(弘濟庵)·보현암(普賢庵)·금강굴(金剛窟)·길상암(吉祥庵)·고운암(孤雲庵)·극락전(極樂殿) 등 15개 암자가 있어 수행정진과 대중포교에 일익하고 있다. 해인사 경내에는 해인총림 선원인 소림선원 외에도 퇴설당(堆雪堂)·선열당(禪悅堂)·조사전(祖師殿)·해행당(解行堂)·관음전(觀音殿)·대적광전(大寂光殿)·궁현당(窮玄堂) 등 여러 전각이 있는데 직·간접적으로 해인총림 선원과 관련이 있다. 해인총림 선원인 소림원은 1983년 동안거 때부터 해인총림 선원의 중심 공간으로 자리잡게 되었다. 지하 1층, 지상 1층의 건물로 정면 13칸, 측면 2칸 맞배지붕이다. 지하 1층 건평은 273평, 지상 층도 이와 같다. 단일 건물로서는 한국에서 가장 큰 선방으로 지상 1층만 선방으로 사용하고 있다. 적정 수용 인원은 40명이고, 면벽할 때는 55명까지 수용할 수 있으며 용맹정진할 때는 100명 정도 정진할 수 있다. 2003년 해인총림 선원이 소림원 뒤쪽에 1백8평 규모로 팔작지붕의 전통양식으로 건립되었다. 해인총림 선원은 1973년 장경각이 목조여서 화재의 위험이 있다 하여, 시멘트로 신장경각 건물로서 건축한 것이나, 대장경을 옮기기에는 부적합하여 방치되어 있던 건물이지만 1983년부터 선원으로 사용되어 오고 있다. 그밖에 해인사의 문화재로는 고려 고종 23년(1236)에서 1251년까지 15년간에 걸쳐 완성된 고려대장경판(국보)이 있다. 장경판전(국보), 반야사원경왕사비(보물), 석조여래입상(보물), 원당암다층석탑 및 석등(보물), 합천 치인리마애불입상(보물)이 있다. 해인총림 선원에서는 가행정진과 108참회를 일과로 삼고 있다. 108참회는 경허, 만공 이래 국내 선원의 가풍으로 자리 잡았는데 보통 5시에 방선하고 108참회에 들어간다. 새벽 2시에 일어나 죽비 세 번으로 예불과 입선을 하고 5시에 방선하여 대참회를 하는 것이다. 아침식사를 마친 후 오전 8시에 입선하여 오전 11시 30분에 방선하고 대적광전에서 모든 대중이 참여하여 사시불공을 올린다. 다시 오후 2시에 입선하여 오후 5시에 방선하고 소임 시간을 갖는 것이 특징이다. 오후 7시에 예불 입선하고 10시 방선하여 취침에 들어가면 하안거 하루일과가 끝난다. 용맹정진은 선원의 대중뿐만 아니라 강원, 율원, 심지어 암자의 대중까지 참여하는데, 하안거 때는 7월 1일부터 7월 8일 동안거 때는 음력 12월 1일부터 8일까지 한다. 이 기간 동안 24시간 내내 자지 않고 장좌불와하면서 정진을 한다. 현재는 소림원을 중심으로 정진하는데, 퇴설당 시절에는 용맹정진을 여름에는 큰 법당인 대적광전에서 했으며 겨울에는 궁현당에서 실시했다. 해인사에서 가장 엄격히 지키고 있는 용맹정진은 수행 납자뿐만 아니라 강원, 율원 등 사중에 있는 대부분의 스님들이 의무적으로 동참한다. 안거 중에는 면벽 좌선하지만 용맹정진 기간에는 마주보며 정진한다. 엄격한 선원규칙과 초인적 인내를 요구하는 일정에는 어떠한 예외도 적용되지 않는다. 50분 좌선하고 10분간 포행 한다. 좌선시간 죽비 후, 5분 초과 시는 서서 정진해야 하며, 20분 초과 시는 퇴방으로 해인총림 산중을 떠나야 한다. 용맹정진 일주일 동안 절대 누울 수 없으며, 벽에 기대어 앉아서도 안 된다. 지정된 공간을 벗어나선 안 되며, 공양시간과 청소시간을 제외한 모든 시간을 앉아서 좌선해야 한다. 용맹정진 일정은 다음과 같다. 〈선원 수행 일정표〉

해인사에서는 총림 전체가 참여하여 보름마다 포살 법회를 연다. 한 달의 마지막 날인 그믐날에는 범망경 포살법회, 보름날에는 직위에 따라 비구계 포살, 비구니계 포살, 사미계 포살을 한다. 『범망경』 포살 때는 한 시간에 걸쳐 율주가 독송하는 『범망경』을 들으며 자비심을 일으키고 죄의 씨앗을 버려 수행정진에 더욱 매진할 것을 다짐한다.