자장(慈藏, 590~658년) 율사는 신라 진골 소판(蘇判) 김무림(金茂林, 또는 虎林)의 아들이다. 김무림은 아들이 없어서 관음상 1천 부(部)를 조성하고 자식 낳기를 빌면서, 남아를 낳으면 법해(法海)의 진량(津梁, 나루터와 다리)으로 만들겠다고 하였다. 이후 어머니는 별이 품속으로 들어오는 태몽을 꾸고 임신하게 되었다. 태어난 날이 석가세존과 같은 날이어서 선종랑(善宗郞)이라 이름하였다.

선종랑은 마음이 맑고 깊으며 세속에 물들지 않았다. 일찍이 양친을 여의고 속세의 어지러움을 꺼려서 처자를 버리고 산으로 들어갔다. 산짐승을 겁내지 않고 홀로 깊고 험준한 곳에 집을 지어 가시덤불을 두르고, 알몸으로 그 안에 앉아 움직이면 찔리게 하고, 머리는 대들보에 매달아서 혼미함을 없애며 고골관(枯骨觀)을 수행했다. 고골관은 ‘백골관’이라 표기되기도 하는데, 『열반경』 ｢성행품(聖行品)｣에 “보살마하살의 성스런 행이라는 것은 머리부터 발까지 몸을 살피는 것이다. (중략) 그때 가죽과 살을 제외하고 오직 백골을 관찰하면서”라는 부분에 해당하는 수행법이다. 출가 계기에 대해, 꿩을 사냥했는데 꿩이 눈물 흘리는 것을 보고 발심하였다는 기록도 있다. 당시 조정에 태보(台輔, 재상) 자리가 비어서 임금이 누차 불렀으나 가지 않았다. 나오지 않으면 목을 베겠다고 하자, 자장은 “차라리 하루 동안이라도 계를 지키다 죽지 백 년 동안 계를 어기며 살고 싶지 않다.”고 하였다. 이를 듣고 왕이 출가를 허락하였다. 그는 산속 깊이 은거하고 양식을 돌보지 않았는데 신이한 새가 과일을 물어와서 바쳤다. 그렇게 수행하던 중 천인(天人)이 와서 5계(戒) 주는 꿈을 꾸었다. 이후 비로소 속세로 나오니, 마을의 남녀들이 다투어 와서 계를 받았다. 신이한 감응으로 보살계 수계가 이루어지는 것을 자서수계(自誓受戒)라 하는데, 이 방식은 『범망경』에 설명되어 있다. 앞서 원광 법사가 신라에 보살계를 도입한 이래 7세기 전반 신라에 보살계가 전파된 모습을 확인할 수 있다.

자장 율사는 칙명을 받아 문하생 10여 명과 함께 장안에 들어가니, 당 태종이 칙사를 보내 위로하며 승광별원(勝光別院)에 머물게 하였다. 그러나 자장 율사는 그 번잡함을 싫어하여 사양하고 종남산(終南山) 운제사(雲際寺)의 동쪽 벼랑에 올라가 바위 사이에 집을 짓고 3년을 거하였다. 이에 계를 받으려고 사람과 귀신이 계율에 귀의하곤 했다. 그곳 골짜기에 고약한 냄새가 나서 산신에게 결별을 통고하였더니, 율사의 제자가 귀신에게 맞아 죽었다가 깨어나기도 했다. 율사가 옷과 재물을 스님들께 보시하자 향기가 몸과 마음에 가득하였다. 사실인지 논란이 있는데, 당나라에서 청량산(淸凉山, 산서성 오대산) 문수보살에게 게를 받는 꿈을 꾸었다는 기록도 있다. 문수보살 소상 앞에서 기도했는데, 그날 밤에 문수보살이 정수리를 쓰다듬고 범게(梵偈)를 주는 꿈을 꾸었다. 율사가 범게의 뜻을 알지 못하자, 범상치 않은 스님이 와서 풀이해 주었고, 또한 가사와 사리 등을 주고 사라졌다. 이 범게는 『화엄경』 구절과 일치하며, 화엄 사상을 고양하고 있다.

643년에 신라 선덕왕이 돌아오기를 청하니, 황제가 허락하고 불러 궁으로 들어오게 하고 예물을 많이 주었다. 자장 율사는 신라에 경전과 불상이 아직 충분하지 않기 때문에 대장경을 비롯하여 불전을 장엄하는 번당(幡幢) 등을 요청하여 받아서 돌아왔다. 율사가 귀국하자 온 나라가 환영하였고, 왕은 분황사에 주석하도록 명하였다. 여름철 궁 안에서 『섭대승론』을 강의하게 청하였고, 또한 황룡사에서 『보살계본(菩薩戒本)』을 7일 주야로 강연하게 하였는데, 하늘에서 단비가 내리고 운무가 자욱하게 끼어 법당을 덮으니, 모두 감복하였다.

분황사가 ‘용궁’ 북쪽에 있고 용궁 남쪽에는 황룡사가 있었다고 하는데 황룡사에 9층탑 건립을 건의하였다. 황룡사 9층 목탑은 신라를 중심으로 한 주변 아홉 개 국가를 제압한다는 의미를 지닌다. 목탑을 세운 기술자 아비지(阿非知)는 백제 사람인데, 목탑의 중심기둥 심주(心柱)를 세우던 날 밤에 백제가 망하는 꿈을 꾸고서 일을 그만두고자 했더니, 천지가 진동하고 사방이 어두운 가운데 노승이 심주를 세우곤 사라지는 것을 보고는 마음을 바꿔 일을 마무리했다고 한다.

당시 승려 사회에 체계가 없다는 조정의 논의에 따라, 왕명으로 자장을 최고 승관직인 대국통(大國統)으로 삼고 교단의 일체 법규를 모두 주관하게 했다. 자장은 이에 승려에게 보름마다 계(戒)를 설명하고 겨울과 봄에 모두 시험하게 하였으며, 관원을 두어 이를 유지하게 했다. 또한 순사(巡使)를 보내 외사(外寺)를 돌며 검사하고 승려들의 잘못을 살피며 경전과 불상을 엄중하게 정비하여 규정을 만들었다. 이때 이르러 계를 받고 부처를 받드는 이들이 많았고, 머리 깎고 출가하기를 청하는 이들이 시간이 지날수록 늘어났다. 이에 통도사(通度寺)를 창건하여 646년에 계단(戒壇)을 지었다

자장 율사는 태어난 집을 고쳐 원녕사(元寧寺)로 만들고 낙성회 때 『잡화경(雜花經, 화엄경)』을 강연하니 52녀(女)가 현신(現身)하여 청취했다. 이는 석가모니 열반회상에 52부류의 중생이 모였던 것과 같다. 문인(門人)에게 그 수만큼 나무를 심어서 그 기이함을 표시하게 하고, 지식수(知識樹)라고 불렀다. 현재 통도사 영각 앞에 있는 홍매가 ‘자장매’로 불리는데 이 지식수와 관련짓기도 한다. 이전에 신라의 관복은 중국과 달리 제각각이었는데, 조정에 건의하여 중국 복장을 하도록 건의하니 허락하였다. 그리하여 진덕왕(眞德王) 3년(649)에 중국 관복을 입기 시작했다.

만년에 서울을 떠나 강릉에 수다사(水多寺, 현재 등명락가사)를 창건하고 살았다. 하루는 이상한 스님의 꿈을 꾸었는데, 중국 청량산 북대(北臺)에서 본 모습이었다. 그 스님이 말하기를, “내일 대송정(大松汀, 큰 소나무 있는 물가)에서 너를 볼 것이다.”라고 하였다. 놀라서 깨어나 아침 일찍 대송정에 가니 과연 문수보살이 계셨다. 그래서 불법의 요체를 물으니, “다시 태백산 갈반지(葛蟠地, 칡이 서린 곳)에서 만나자.” 하고 사라졌다. 자장 율사는 태백산을 돌아다니며 갈반지를 물색했다. 그러던 중 정선군에서 큰 구렁이가 나무 아래에 똬리를 틀고 있는 것을 보고, 그곳이 갈반지임을 알고 석남원(石南院, 현재 정암사)을 창건하고서 문수보살을 기다렸다.

하루는 어떤 늙은 거사가 남루한 방포(方袍, 가사)를 입고 칡으로 엮은 삼태기에 죽은 강아지를 담고 와서 시자에게, 자장을 보러 왔다고 하였다. 시자가 물었다. “스승님을 받들면서부터 아직 우리 스승님 이름을 부르는 자를 보지 못했는데, 너는 어찌 된 사람이길래 이렇게 미친 말을 하는가?” 거사가 말하였다. “너희 스승에게 고하기만 해라.” 시자가 들어가 고하니, 자장은 미친 자로 여겼다. 이에 시종이 그를 내쫓으니, 거사가 말했다. “돌아간다. 돌아간다. 아상(我相)을 가진 자가 어찌 나를 볼 수 있겠는가.” 그리고 삼태기를 뒤집어 터니 죽은 강아지가 사자보좌(師子寶座)로 변하였고, 거기에 올라타고 빛을 발하며 사라졌다. 자장이 그 소식을 듣고 허겁지겁 빛을 찾아 남쪽 고개로 쫓아 올라갔다. 그러나 이미 흔적 없이 사라지고 난 후라 만나지 못하고 결국 고개에서 쓰러져 입적하였다.

자장 율사는 『아미타경소(阿彌陀經疏)』, 『아미타경의기(阿彌陀經義記)』, 『사분율갈마사기(四分律羯磨私記)』, 『십송률목차기(十誦律木叉記)』 등의 주석서와 『관행법(觀行法)』을 발간하여, 매우 유행하였다. 그의 저술은 『사분율』 등 소승 율전에 대한 주석서뿐이지만, 귀국한 후에 강연한 것은 대승 보살계였다.