대웅전 내부에는 목조비로자나삼신불좌상이 봉안되어 있다. 삼신불이란 화엄사상에 근원을 둔 도상으로 법신 비로자나불(法身毘盧舍那佛), 보신 노사나불(報身盧舍那佛), 화신 석가모니불(化身釋迦牟尼佛)로 구성된 삼존불이다. 각 존상의 크기는 비로자나불은 높이 280㎝, 최대너비 179㎝, 노사나불은 높이 264.5㎝, 최대너비 160㎝, 석가모니불은 높이 245㎝, 최대너비 161㎝이다. 2006년 보물로 지정되었다가, 2021년 보물 해제와 동시에 국보로 지정되었다. 대웅전 삼신불 조성과 관련된 기록은 1697년 개간(開刊)한...

대웅전 불단 위에 봉안된 목조비로자나삼신불좌상 가운데 비로자나불상 왼쪽 노사나불상과 오른쪽 석가모니불상에서 많은 양의 복장유물이 수습되었다. 이 가운데 노사나불상에서 수습된 복장유물은 후령통 1점, 황초폭자 편, 전적류 46종, 64책 29속이다. 전적류에는 『법화경』 등의 경전과 『선종영가집』 등의 주석서, 『수륙무차평등재의촬요』 같은 의례집, 다라니, 시주질 등이 포함된다. 노사나불상의 복장유물은 화엄사 성보박물관에 소장되어 있다.