화엄사의 산내암자, 보적암(寶積庵)은 1630년(인조 8) 일어선사(一語禪師)가 개창하였다. 가람이 정비되기 이전인 1994년에는 절터 입구 주변으로 돌무지 탑 5기가 있었고, 시누대 지붕을 엮어 만든 정면 3칸, 측면 1칸의 목조 흙벽집 가건물 1동이 있었다. 보적암지는 규모가 약 200여 평 정도에 가로 약 50m, 높이 3m 정도의 석축이 있었고, 주변에서 중호복합문, 수파복합문 와편, 백자편 등이 확인되었다. 『호남읍지(湖南邑誌)』, 『봉성지(鳳城誌)』, 『태고사사법(太古寺寺法)』 등에 암자의 연혁이 확인된다. 6.25 전쟁 때 암자의 전각이 전소되었고, 1989년에 종지(宗智) 스님이 복원하였다. 그 후, 2016년 당시 화엄사 주지 영관(靈觀) 스님이 중창을 위해 해체하였으며, 2019년 4월 30일 보적암 중창불사 낙성식 및 대웅보전 삼존불 및 신중탱화 점안식을 봉행하였다. 대웅보전에 새로 모신 목조 삼존불은 석가모니불을 주불로 좌우에 지장보살과 관음보살을 모셨다. 삼존불은 목각으로 불모 이용주 목조각공이, 후불탱화는 해송 정경문 불화가가 그렸다.