원통전은 대웅전의 서쪽, 각황전의 북쪽에 위치하고 있다. 원통전의 우측에는 영전이, 좌축에는 나한전이 있으며 앞에는 사자탑이 서 있다. 기록에 의하면 1703년(숙종 29)에 계파 성능스님이 각황전을 중건할 때 함께 세운 것이다. 각황전의 상량문의 원당(願堂)이라는 표현과 내부 불단의 형태 등을 통해 원통전이 원당으로 세워진 건물로 추정된다. 내부 중앙에 4개의 기둥을 세우고 건물의 구조와는 독립된 감실형 불단이 있는데 이러한 불단은 송광사 관음전에서도 나타나는데 원당의 전패를 봉안하던 감실로 추정되고 있다. 원통전은 정면 3칸, 측면 3칸의 출목 이익공을 올린 겹처마 팔작지붕 집이다. 지붕가구는 5 량가이다. 기단은 이전 시대 기단을 일부 재활용한 것으로 전면에는 가구식 기단의 면석과 계단이 확인되지만 갑석은 결실되어 있다. 초석은 자연석을 사용하였고, 기둥은 세장하게 치목한 원기둥이다. 전면은 3칸 모두 빗살청판분합문을 3짝씩 설치하였고, 측면에는 전면쪽 협칸에만 1짝의 세살청판문을 달았다. 후면은 심벽으로 구성되어 있는데 3칸 모두 X자형 가새를 설치하였다. 이러한 보강재는 대웅전 측면에서도 보이는데 설치시기에 대해서는 여러 의견이 있다. 외부 벽체와 포벽, 목재에 단청과 벽화는 남아 있지 않으나 내부에는 단청의 흔적이 남아 있다. 내부 어칸 창방에 왕실의 천수를 기원하는 ‘수복만만세(壽福萬萬歲)’, ‘중화전하수제년(重華殿下壽齊年)’, ‘왕비전하수제년(王妃殿下壽齊年)’ 문구가 확인되어 원당의 가능성을 보여주고 있다. 지붕의 기와중 일부 암막새에서 ‘강희 삼십구년 경진 사월 일(康熙三十九年庚辰四月 日)’명문과 ‘소화 십이년 수보(昭和十二年修補)’명문이 확인되어 각각 1700년과 1937년에 중수가 진행되었음을 알 수 있다. 내부 불단에는 관세음보살좌상과 탱화가 봉안되어 있고, 불단의 오른쪽 벽면에 별도의 단이 설치되어 있다. 이 곳에는 1897년(광무 1)에 조성한 〈칠성도〉, 〈독성도〉, 〈산신도〉가 봉안되어 있었으나, 2019년에 〈독성도〉와 〈산신도〉를 사사자석탑 영역의 칠성각으로 옮겼다. 한때 불단 후면 쪽에 판가를 설치하여 부휴집(浮休集), 염불직지(念佛直指) 등의 판목들을 보관했으나 2013년 7월에 성보박물관으로 옮기고 판가는 철거하였다. 관리 보수 기록 1978년에 해체수리가 진행되었고, 1997년에 관세음보살상을 개금하였다. 2006년과 2012년에 기와를 교체하는 번와가 진행되었다.