각황전은 왕실의 지원으로 1702년(숙종 28)에 계파성능(桂波性能)스님이 재건한 불전이다. 이 자리에는 장륙전이라는 이름의 불전이 있었고, 내부에 화엄석경이 봉안되어 있었으나, 정유재란 때 건물은 소실되고 화엄석경은 파괴되어 만여 점이 넘는 조각으로만 남아 있다. 전란 이후 벽암 각성스님의 중창 당시 대웅전만 재건되고 장육전은 재건하지 못하였는데, 1699년에 홍각, 등계, 성능스님이 영남 예천 학가산에서 와서 재건의 업적을 이어 2층 7간의 대전을 원통전과 함께 재건하였다. 공사는 1699년(기묘) 봄부터 1702년(임오) 겨울까지 4년에 걸쳐 진행되었고, 1701년에 진행된 상량식에는 채팽윤(蔡彭胤, 1669~1731)이 상량문을 지었다. 상량문에는 1699년에 임금(숙종)이 장육전을 중창할 비용 십만 냥(十萬 兩)을 하사하였다는 내용과 원당(願堂) 대시주로 연잉군(훗날 영조)과 그의 모친인 숙종의 후궁(後宮) 숙빈최씨(淑嬪崔氏)가 기록되어 있다. 건물의 단청과 불상 조성은 이듬해인 1703년에 이뤄졌다. 이때 화공과 승려 화원 등 장인 32명이 참여했다. 현재 전각의 이름은 공사가 끝난 뒤 숙종이 친히 지어 하사한 것으로 ‘각황전’이라는 이름은 ‘깨달은 왕(부처)이 계신 곳’이라는 의미가 있다. 편액은 당대의 명필이었던 이진휴(李震休, 1657~1710)가 썼다. 이후 1768년(영조 44), 1847년(헌종 13), 1851년(철종 2), 1885년(고종 22)에 중수하였다. 관리 보수 기록 1936년부터 41년까지 해체보수가 진행되었으며, 그 일환으로 1939년에 임천선생이 각황전의 벽화와 단청을 모사하였다. 1961년 10월에 각황전 지붕에 대한 부분적인 해체보수 진행되고, 1966년 12월에 대웅전과 각황전의 실측조사와 각황전 수리가 진행되었다. 1968년에 각황전 수리용 기와제작을 시작하여 1969년 6월 3일 지붕을 수리하였고, 1971년 각황전과 대웅전의 석축 수리, 1983년 지붕 보수, 1984년 불단 보수, 1997년 불단 해체보수 및 마루공사, 1999년 탑형 불등단 설치가 이뤄졌다. 2000년에 각황전 계단보수가 진행되었으며, 2006년 불단 후면에 아미타불 입상과 영가단을 설치하였고, 2014년에는 탑형 불등단을 닫집형 불등단으로 교체하였다. 2016년에 활주보수가 진행되는데 기존 활주의 교체 대신 철재 기둥으로 보강하였다. 2017년에 진영단이 설치되고 불단 앞에 경상을 새로 설치하였다. 2018년에는 처마에 달려 있던 일본식 풍경을 제거하고 전통식 풍경으로 교체하였다. 보수공사와 별개로 1989년에 화엄사 일원에 대한 실측조사가 진행되었으며, 2009년에는 3D스캔조사를 통한 정밀실측조사가 시행되었다. 2021년에는 문화재청 산하기관 전통건축수리기술재단의 발주로 HBIM(Historic Building Information Modeling) 구축이 진행되었다. 문화재 훼손사건으로 2012년 10월 5일 새벽 방화 사건이 있었다. 다행히 방염(防炎)처리와 조기 발견으로 후면 출입문 일부만 피해를 입었다. 2013년 2월에 해당 문짝은 교체되었다.