대웅전은 보제루를 지나 마주하는 마당의 북쪽 기단위에 자리하고 있다. 마당에는 각기 조성시기가 다른 것으로 추정되는 서오층석탑과 동오층석탑이 서있고, 그 북쪽에 근래에 제작한 괘불대, 정교하게 다듬은 석재로 조성한 석축, 4중의 계단이 있고, 계단은 대웅전과 중심을 같이 하고 있다. 정유재란으로 소실된 화엄사는 1630년(인조 8) 벽암 각성(碧巖覺性, 1575-1660)스님의 주도로 대규모 재건이 시작되어 7년 후인 1636년에 일단락된다. 이때 산문을 비롯하여 여러 건물과 대웅전이 재건되었다. 대웅전에는 1635년에 조성한 비로자나삼신불좌상, 1757년 제작 삼신불회도가 봉안되어 있고 1722년 조성 유마사 동종이 있다. 대웅전은 17세기 전반기에 불전건축의 대표작으로 평가받고 있으며, 특히 시기적으로 조선 중기 건축에서 후기로 넘어가는 과도기에서 중기건축의 절정을 이루었다는 점이 학술적으로 큰 가치를 지니고 있다. 1963년에 보물로 지정되었다. 관리 보수 기록 1636년 중창 이후 1798년(정조 22)과 1915년(대정 4)에 중수가 진행되었다. 20세기에 들어서는 1969년 12월 1일~30일에 기단과 지붕보수가 진행되고, 1970년 5월~71년 3월에 지붕 번와와 단청, 축대보수를 하였다. 1977년 태풍으로 문짝이 파손되어 봉합하고 테두리를 철판으로 보강하였다. 21세기에 들어서는 2000년 마루보수, 2013년 측면 출입문 교체, 2014년 신중단 옆에 불등단 설치, 2017년 영단과 경상, 신중단 정비가 이뤄졌다. 1988년에 대웅전 내 성보에 대한 절도 시도가 있어 후면 문은 폐쇄하였으며, 1997년에는 불전 내에 있던 성보전시 보관장을 해체하고 삼전으로 이안하였다. 이때 수습하여 삼전으로 옮긴 성보는 후에 성보박물관으로 이관되었다. 문화재 조사는 1920년대에 일본인 학자 후지시마 가이지로의 조사가 진행되었고, 광복이후 1966년 12월 25일 실측, 1986년 화엄사 일원에 대한 실측조사, 2013년 정밀실측조사 가 진행되었다.