화엄사 종 이야기는 당시 화엄사에 에밀레 종 만큼 큰 신라시대의 범종이 있었고, 왜란 때그 종을 왜군이 가져가다가 용소 혹은 강에서 배가 좌초되어 가져가지 못했다는 내용이다. 화엄사에서는 자운 윤눌(慈雲潤訥) 대사가 전라좌수영에서 수군통제사인 이순신(李舜臣, 1545~1598) 장군과 함께 군사(軍師)이자 수군으로 활약하였다. 당시 자운 스님은 연기존자께서 타고 오신 연(鷰)의 모습을 토대로 거북선을 만드는 데 결정적인 역할을 하였는데, 전라좌수영의 용머리는 경상우수영의 거북선의 머리와 형태가 다르다고 한다. 정유재란(1597) 때 주지 설홍(雪泓) 대사는 의병의 격문을 받고 군량 103석과 153명의 승병을 거느리고 석주진(石柱鎭)을 지키다 전사하였다. 당시 왜장이었던 가토 기요마사(加藤淸正, 1562~1611)는 이에 대한 보복으로 화엄사에 침입해 방화, 살육, 약탈을 하였다. 일본학자 토마리 카츠미(泊勝美)가 쓴 『韓国古寺発掘』(東京: 大興出版, 昭和55[1980])에서는 가토가 화엄사의 범종이 탐이 나 그것을 본국으로 보냈다고 하는 사찰 전승이 있다고 기록하였다. 이 이야기는 임진년과 정유년의 왜군 침입으로 화엄사의 전각이 소실되고, 왜군에 의해 유물이 약탈된 일이 있었음을 유추하게 한다. 현재 화엄사 범종은 2013년에 새로 주조한 것이다. MBC 다큐 ‘잃어버린 범종찾기’ 1984년 MBC 창사특집으로 ‘잃어버린 범종찾기’가 기획되어 11월 구례 용두리에서 정유재란 당시 약탈된 화엄사 범종을 발굴하는 작업이 약 한 달간 진행되었고, 1985년 1월 13일에 방영되었다. 정수웅 감독의 탐사대는 강줄기를 돌려 물을 막고 퍼내었으나 끝내 종을 발견하지는 못하였다.