자광 스님이 동국대학교 산하시설을 진두지휘하면서 가장 큰 변화를 이룬 곳이 동국의료원이었다. 취임 직후 법인 산하 기관장들이 모인 자리에서 권한은 철저히 주되 그에 따른 책임 또한 섭섭할 정도로 묻겠다고 밝히면서 의료원 성장에 깊은 관심과 노력을 기울였다. 의료원의 발전이 학교의 발전과 직결되며 또 의료원은 중생구제가 이뤄질 수 있는 최적의 장소 가운데 하나였기 때문이다. 취임 다음 해인 2017년에 의료원 개혁추진단을 꾸리고 병원 경영을 위한 개혁을 단행했다. 유수 대학 병원 교수들로 의료진을 구성하며 의료진을 확충하고, 인근 대형병원 대비 복지와 근로환경에 뒤처지지 않도록 구성원 복지 증진을 위해 애정을 쏟았다. 또한 양한방 통합 의료정보시스템을 통해 환자들에게 맞춤형 의료서비스를 제공하도록 독려했다. 의료원의 운영에 있어 공모·공채, 공개입찰의 절차를 철저히 지키게 해 사적인 경영으로 흐르지 않게 했다. 그러자 의료원 재정은 투명해졌고 의료진은 더 전문화되고 친절해지는 성과가 나타났다. 병원 법당을 확대하고 시설도 개선시켰다. 법당의 스님들은 아침저녁으로 병실을 찾아 환자를 위해 기도하고 위로했다. 노후한 의료기기들을 교체하고 수술 전용 로봇기계의 도입도 추진한 결과, 동국대학교 일산 병원은 4년 연속 건강보험심사평가원 4대 암 치료 1등급 기관으로 선정되었고, 2016년부터 2년 사이 진료수익이 460억 가량 늘어나는 성과가 나타났다. 2017년 8월 29일, 자광 스님은 이사장 4층 회의실에서 2005년 개원 이래 최고의 성과를 보고받았다. 일산병원을 포함해 동국대학교 의료원 산하 병원들의 경영실적이 동월대비 8.1%에서 8.9%까지 급성장한 것으로 나타났다. 병원장은 일산병원의 새로운 슬로건인 ‘동국 포유’를 설명하며 환자와 직원 나아가 학교와 종단을 위해 새로운 도약에 나설 것을 약속했다. 그날 자광 스님은 바로 학교로 돌아오지 않고 수술 담당 직원 휴게실과 중환자 병동 사무실을 찾아 감사를 전하고 일일이 직원들의 손을 잡고 악수를 나누었다. 2017년 8월 29일 《불교신문》에는 자광 스님이 동국대 일산병원을 방문해 연이은 최고 경영 실적을 낸 교직원들을 격려한 사진이 실렸다. 금일봉을 전달하고 병원의 전 직원에게 간식으로 피자를 전달하며 힘을 북돋아 준 사진이다.

스님은 공적이거나 사적인 자리를 막론하고 만나는 사람들 모두에게 양한방 진료를 겸비한 동국대학교 의료원의 장점을 설명하고 첨단의료시설들을 소개했다. 그리고 부디 건강해서 병원에 오지 않기를 바라지만 혹시 이상이 생기면 꼭 동국대학교 의료원으로 오라는 당부를 잊지 않을 만큼 지속적인 관심을 기울였다. 직원과 환자들의 고충을 귀 기울여 듣고 병원 환경을 개선하는 데 성의를 다하자 병원은 갈수록 활기차고 쾌적해졌고, 외래와 입원환자들이 증가하기 시작했다. 그 결과 2016년 2,191억 원이던 진료수익이 3년 만에 2,650억 원으로 증가하는 쾌거를 이루었다. 의료원은 경쟁력이 더 높아졌고 불자는 물론 인근 지역주민들도 양질의 의료서비스를 받게 된 것이다. 재직 시에 불교종합병원 사상 첫 호스피스병동의 문을 연 것도 큰 업적 중의 하나다. 2019년 6월에 동국대학교 일산병원에 ‘정심행 완화의료센터’의 문을 열었다. 그동안 불교계에서는 요양병원과 요양원 등에 호스피스 시설이 있었으나 종합병원 내 호스피스, 완화시설이 들어선 것은 처음이었다. 정심행 의료센터는 총 10개의 병상과 임종실, 프로그램실과 상담실, 가족실과 목욕실 등을 갖춘 채 문을 열었다. 전문의 2명, 수간호사 1명, 병동간호사 5명, 전담간호사 1명, 사회복지사 1명으로 센터 직원들이 구성되었다. 지도법사와 영적돌봄가 스님 등이 자원봉사를 하고 불교호스피스 특유의 불화그리기, 인등기도, 108참회염주 만들기, 가족치유 및 명상, 내생 발원 불공기도 등이 진행된다. 고통에 시달리는 말기암 환자를 비롯한 많은 환자들이 삶과 죽음이 연결되어 있다는 불교의 생사관을 통해 불안감을 극복하고 생의 마지막을 편안히 정리할 수 있도록 역할을 다하고 있는 정심행 완화센터 개설은 불교 포교에도 큰 힘을 실어주고 있다.

『사분율』은 출가한 승려가 불법을 수행함에 필요한 계율을 모아 엮은 경전으로 선지식이 갖추어야 할 일곱 가지 요건에 대해 이렇게 설하고 있다. 동국대학교 이사장 시절 스님의 행적은 ‘상구보리 하화중생’이라는 교화의 중심에서 저 일곱 가지를 충실히 지킨 선지식의 발자취라고 할 수 있다. 2019년 7월 20일, 자광 스님은 임기만료와 함께 이사장 소임에서 물러났다. 원칙과 화합의 불교 정신으로 대학의 발전을 위해 동분서주했던 노승의 아름다운 퇴임이었다.