대한불교조계종단이 지원하는 동국대학교는 불교 발전의 원동력이자 불교계 인재의 집합소인 종합대학이다. 학교법인 동국대학교는 서울·경주·고양·LA캠퍼스·동국대 의료 산하 5개 병원이 속해 있는 거대한 조직이다. 이밖에도 10개 초·중·고등학교와 유치원, 동국대 전산원과 만해마을수련원, 일산 사업소를 두고 있다. 법인 이사장직은 초·중·고 및 대학과 의료원, 수익사업체를 모두 관장하는 자리이다. 자광 스님은 2016년 6월에 열린 제304회 이사회에서 동국대학교 제39대 이사장으로 선출되어 2019년 7월까지 재직했다. 그 시기는 학교 법인 이사장으로서 포교의 현장에 선 시간들이었다. 스님은 2016년 6월 21일에서 2019년 7월 20일까지 학교법인 이사장으로 재직하는 동안 화합의 리더십으로 대학의 안정과 정체성 확립이라는 큰 성과를 이뤄냈고, 의료원 발전과 총장 후보자 공개토론회 도입 등 동국대학교를 인문학의 세계적 전당으로 만들기 위해 헌신했다는 평가를 받고 있다. 또한 교내 환경 근로자(미화원) 전원의 정규직 전환과 농성 중인 학생과 노동자들에 대한 배려, 주차관리자와 경비근무자 등에 대한 실무 차원에서의 격려 등은 불교적 관점에서 동사섭의 실천이었으며 불교의 이론적 개념이 현실 사회에 모범적으로 안착했다는 평가를 받고 있다.

취임 후 가장 시급하게 해결해야 할 과제는 명문 사학으로서의 위상을 회복하는 것과 학내 갈등과 혼란을 극복하고 학교의 모든 구성원들이 각자의 자리에서 학교 발전에 매진할 수 있도록 만드는 일이었다. 취임 당시 동국대학교는 안팎으로 돌출된 갈등 속에 있었던 터라 학내 사안을 풀어가는 데 화합과 대화를 최우선으로 해야 하는 상황이었다. 먼저 종단과 학교와의 관계를 명확하게 규정하고 학교 설립 주체가 종단이며 종단과 학교는 상호발전의 상생관계임을 분명히 했다. 종단의 발전이 동국대학교의 발전이고 학교의 발전이 종단의 발전임을 강조하면서 상호 발전할 수 있는 관계를 구축해 나가는 데 심혈을 기울였다. 뿐만 아니라 대학과 학교, 병원 등 다양한 조직을 유기적으로 운영하는 데 있어서 가장 중요한 것은 원칙임을 강조했다. 개인의 재주가 아무리 뛰어나더라도 원칙에 어긋나면 힘을 얻을 수 없다는 소신 때문이었다. 이로 인해 3년 동안 학교법인 동국대학교를 이끌어온 스님의 손에서는 『대학규정』과 『불교성전』이 떠나지 않았다. 『대학규정』은 법인을 운영하는 중요한 잣대이고, 『불교성전』은 지혜와 자비의 보고이다. 스님의 집무실에 잠시라도 들어가 본 사람이라면 책상 위에 놓여 있던 이 두 권의 책을 누구나 기억할 것이다. 취임해 보니 각종 차입금의 원금상환이 시작된 데다가 기부금도 크게 줄어들어 재정 문제가 심각했다. 재정건전성 확보와 안정적인 재원조달이 시급한 문제였다. 몇 년 동안의 등록금 동결과 나라 경제의 침체로 인해 학교재정이 매우 어려운 상황이었다. 학교발전기금만으로는 해결하는 데 한계가 있었다. 병원이 흑자를 내서 학교에 투자할 수 있도록 했지만 연구비와 투자금을 유치해야 하는 과제가 기다리고 있었다. 스님은 이 문제를 해결하기 위해 학교 관계자들의 부단한 노력을 통해 연구경쟁력을 갖추도록 적극 독려했고, 자신은 불교계와 동문 등을 찾아가 학교에 대한 관심과 애정을 가져달라고 부탁하며 허리를 숙였다. 오랫동안 군대의 행정을 경험한 것이 많은 도움이 되었으나 더 중요한 것은 스님만의 하심과 화합정신이었다. 학교의 방대한 조직을 운영하는 일은 기술이나 말만 가지고는 어려웠다. 불교종립학교로서의 정체성을 살리기 위해 이사장 자신부터 솔선수범했다. 주석하고 있는 용인의 반야선원에서 동국대학교까지는 짧지 않은 거리였으나, 취임 다음날부터 바로 오전 9시 30분까지 출근했다. 매일 본격적인 업무가 시작되기 전에는 학교 내 법당인 정각원에 들러 부처님께 참배를 올리며 학교발전을 위해 최선을 다할 것을 다짐했다. 언제 어디서나 간절히 기도하는 삶으로 살아온 스님의 일상이 이사장 자리에 있다고 해서 달라질 수는 없었다. 업무를 마친 다음엔 학교 식당에서 직원들과 함께 점심식사를 했다. 학교에서 마주치는 학생들과 교직원들, 교수들에게 허리를 굽혀 인사했다. 지금 그 자리에서 만난 그들이 모두 부처였다.

학교 운영방침과 철학을 청렴과 투명성에 두고 먼저 절약을 실천하는 데 역점을 두었다. 이사장 본인을 비롯한 법인 구성원들의 카드를 반납하고 필요한 일이 있을 때만 지급받아 사용하도록 했다. 언제나 한결같은 출가자로서의 모범을 보이자 학교의 분위기가 달라지기 시작했다. 교직원과 학생들이 ‘이사장은 명예나 권력직이 아니라 무한 책임의 직책’이라던 스님의 말에 진정성을 느끼기 시작한 것이다. 법인 산하 초·중·고등학교와 유치원에서 열리는 매년 1회의 수계법회에는 빠짐없이 참석했다. 이러한 이사장의 모습을 보고 학교에 대한 주인의식이 고취되는 것을 볼 수 있었다.

이사장으로 재직하면서 자광 스님이 가장 많이 했던 핵심법문이었다. 스님은 재직하는 동안 50여 년 전 당시 동국대 이사장이던 은사 경산 스님의 가르침을 단 한 번도 잊지 않았다. 은사께서는 인재를 양성해서 적재적소에 잘 써야 종단이 화합하고 나라가 발전한다는 소신으로 학교 발전에 온 힘을 기울인 분이었다. 종무 행정을 보는 사람은 위아래에 불편함이 없도록 해야 하며 책임질 일이 있으면 남에게 미루지 말고 반드시 스스로 감당해야 한다던 말씀과 행정을 책임지는 승려가 수행에 철저하지 않으면 박복해져서 아무 일도 할 수 없다는 말씀을 떠올리면서 무한책임조차 수행이라고 여기고 최선을 다한 시간이었다.