기도(祈禱)란 복을 구하고 화를 없애거나[祈福·禳災], 소원(所願)이 이루어지기를 바라며 불보살(佛菩薩)에게 비는 일을 뜻한다. 관련하여 ‘기원(祈願)’, ‘기념(祈念)’, ‘심원(心願)’, ‘서원(誓願)’ 등의 표현이 함께 통용된다. 불교에서는 자력(自力) 신앙적 측면이 강조되므로 타력(他力)에 의지하여 기도하지 않는 것을 원칙으로 삼지만, 제불여래에게 ‘빌어’ 그 감응(感應)을 통하여 법신(法身)이 현현하도록 하는 것을 기도로 받아들인다. 기도의 의미는 밀교 수행의 개념으로 대치되기도 한다. 이에 수행의 궁극적 경지인 해탈에 도달할 수 있는 방법으로 신(身)·구(口)·의(意)이라는 삼밀가지(三密加持) 수행법이 제시된다. 신밀(身密)은 손으로 인계(印契)를 맺는 무드라(Mudra) 수행, 구밀(口密)은 입으로 진언(眞言)을 외는 만트라(Mantra) 수행, 의밀(意密)은 뜻으로 관상(觀相)하는 사마디(Samadhi) 수행을 뜻한다. 기도는 사찰에서 수행 및 신앙의 핵심을 이룬다. 수행의 측면에서 순수한 수도 정신에 의하여 수행과 공부의 한 방편으로 기도가 행해진다. 밀교의 삼밀가지 수행, 정토의 염불(念佛) 수행 등이 해당한다. 신앙의 측면에서 기복적인 기도는 개인의 사사로운 이익을 우선한다는 성격이 있지만, 소원 성취를 염원하는 인간 본연의 욕구에서 출발한다는 점에서 모든 종교 행위의 기본으로 인식된다. 이 경우 불보살 혹은 신중들에게 소원을 빌면서 초자연적인 위신력을 기대하며 민간신앙과 긴밀하게 결합하는 경향을 보인다. 사찰의 일과에서 기도는 중요한 부분을 차지한다. 기본적으로 새벽예불, 사시불공(사시기도), 저녁예불 등 세 차례 기도한다는 뜻에서 삼분정근(三分精勤)이 행해진다. 여기에 오후 2~4시 사이의 기도, 철야 기도 등을 추가하여 사분정근(四分精勤), 오분정근(五分精勤) 등의 형태로 행해지기도 한다. 주불(主佛)을 모신 큰법당뿐만 아니라 나한전(羅漢殿), 관음전(觀音殿), 지장전(地藏殿) 등 부속 전각에서도 공양의례와 함께 기도가 개별적으로 이루어진다. 주간·월간·연간으로 행해지는 정기 행사에서 특별 정진 기도가 함께 이루어지기도 한다. 삼보사찰을 예로 들자면 해인사(海印寺)에서는 매월 둘째주 수요일에 ‘고려관음지장보살 기도’가 삼분정근으로 행해지며 매주 토요일에 ‘비로자나광명기도’가 철야정진으로 행해진다. 송광사(松廣寺)에서는 매달 초하루, 약사재일(藥師齋日: 매월 음력 8~10일), 관음재일(觀音齋日: 매월 음력 24일)에 법회와 함께 기도가 봉행되고 있다. 통도사(通度寺)에서는 지장재일(地藏齋日: 매월 음력 18일), 관음재일(觀音齋日: 매월 음력 24일)에 법회와 함께 기도가 봉행되고 있다. 정초(正初)에는 보궁기도(寶宮祈禱: 음력 1월 1~7일)와 신중기도(神衆祈禱: 음력 1월 7~9일)가 행해지며, 출가재일(出家齋日: 음력 2월 8일)과 열반재일(涅槃齋日: 음력 2월 15일)에는 정진기도가 행해진다.