법화사는 창건에 관련한 문헌상의 정확한 기록이 남아 있지 않지만, 통일신라시대의 장보고(張保皐, ?~846)에 의해 창건되었을 것이라는 설이 전해진다. 해상왕이라고 불리던 장보고는 동아시아 무역을 장악하고 그 위세를 떨치면서 해상활동의 무사안녕을 기원하기 위해 법화사상을 내세우며 840년에 건립된 사찰로 추정된다. 오랜 역사를 거듭하는 동안 법화사는 흥망성쇠를 거듭해 왔으며 중창불사의 정확한 시기를 기록에서 찾을 수는 없다. 1926년 관음사 주지 안도월 스님과 안봉려관 스님이 새로 건물을 중축하기도 하였지만, 제주 4.3사건과 6. 25전쟁을 거치면서 사찰은 전소되어 슬레이트 지붕과 초가 요사를 갖추며 재건을 거듭하였다. 1980년 대에 이르러 사찰의 복원이 본격화 되었다. 이러한 법화사 중창불사에는 시몽(是夢)스님의 원력이 크게 작용하였다. 시몽스님이 주지로 부임 한 뒤 법화사의 역사에 대해 6차례의 학술대회를 개최하였고, 3만여 평에 이르는 사지를 매입하여 복원하며 법화사지를 발굴하고 중창하여 지금의 명성을 얻게 되었다. 법화사의 대웅전은 1982년 제주대학교 박물관의 법화사지 발굴 조사 결과에 따라서 정면 5칸 측면 4칸의 108평 규모의 팔작지붕 양식으로 복원되었다. 대웅전 안에는 명나라에 빼앗긴 금동 삼존상을 상징하는 의미로 석가여래를 관음보살과 지장보살이 좌우에서 협시하는 금동 삼존여래상을 봉안하고 있다. 법화사는 지난 2004년 7월에는 한라산 법화사 염불정진대회를 개최한 바있다. 시몽스님은 “정법보다는 토속신앙과 결합된 불교 특성이 농후한 제주에서 펼쳐진 이번 전국 염불만일회는 바른 신앙과 수행의 보급이라는 차원에서 큰 의미가 있다. 따라서 염불 대회는 염불행자의 치열한 정진의 장이자 흥겨운 축제마당이었으며, 불자들이 신심을 새롭게 다지고 나무아미타불 염불공덕을 이 사회와 국가에 널리 퍼지길 바란다.”라고 전하며 법화사에서 염불소리가 끊어지지 않기를 염원하였다.